I Flens kommun finns tio skolor fördelade på kommunens alla orter. I kommunen finns också två fristående skolor. Kommunens tätorter är geografiskt utspridda och grundskolverksamheten är därmed indelad i olika rektorsområden.

• Flens grundskoleområde F-5
  Bettna skola
  Lötenskolan
  Nybbleskolan
  Söderskolan
• Flens grundskoleområde 6-9
  Stenhammarskolan
• Hälleforsnäs grundskoleområde F-9
  Bruksskolan
  Kyrkskolan
• Malmköpings grundskoleområde F-9
  Malmaskolan
  Ekbacken